「大坌坑文化」是臺灣最早的新石器時代文化，時間大約在六千多年前到五千年前之間，又稱為「粗繩紋陶文化」。大坌坑文化的遺址大多出現在海濱、河口或湖濱，是一個適應海洋、河流、沼澤等環境的文化。許多學者認為，大坌坑文化是從大陸東南沿海移入的新文化，而且是南島民族最早的祖先之一。
代表性遺址有大坌坑遺址、鳳鼻頭遺址、八甲遺址、長光遺址、果葉遺址。

大約在四千五百年前到三千五百年前之間，臺灣的史前文化由大坌文化逐漸演變到另一個階段。考古學者稱為「細繩紋陶文化」或「繩紋紅陶文化」。
這個文化廣泛分布在全臺灣各沿海地區，晚期沿河谷向內陸移動。學者按各地區細繩紋陶文化的差異又區分為牛罵頭文化、牛稠子文化、東部繩紋陶文化等。陶器表面的細繩紋是它們的共同特徵。生活型態以穀類農業為主，但狩獵及漁撈仍佔重要地位。
代表性遺址在北部有萬里加投遺址；中部有牛罵頭遺址；南部有牛稠子遺址、鳳鼻頭遺址、墾丁遺址；東部有富山遺址；澎湖則有鎖港遺址。

圓山文化是距今約四千五百年到二千多年前，流行於臺北盆地的史前文化，是繼大坌坑文化之後，來自大陸東南沿海的另一批移民。當時臺北盆地是個湖泊，人們就住在湖濱較高處，以農業及漁獵為生，並且已懂得栽種稻米。
圓山文化的器物以有肩石斧、有段石錛、大型磨製石鏟及雙口圈足罐最具特色。
代表性的遺址有圓山遺址、芝山岩遺址、土地公山遺址、狗蹄山遺址。

大湖文化距今約三千五百年到二千多年前，分布於大湖臺地和臺南臺地。有的學者依地域性的差異將大湖文化分為「大湖文化相」及「烏山頭文化相」。貝塚和大量使用骨、角、貝器是大湖文化的特色。
大湖文化陶器以紅、黑兩色為主。大湖文化相以紅陶較多，且常有帶狀的波浪紋圍繞在陶器唇口及頸部，而烏山頭文化相則以黑陶佔大多數，且很少有紋飾。
代表性的遺址有大湖遺址、鳳鼻頭遺址、烏山頭遺址。